Im Frühjahr 1904 als der Bau der Kirche begann, wurde auch mit dem Bau des Schwesternhauses begonnen. Die Einweihung war am 1. Oktober 1906. Es zogen 5 Dillinger Franziskanerschwestern zur Betreuung der Kleinkinderschule (Kindergarten), Volksschule und einer ambulanten Krankenpflegestation ein.
Die Schulklassen in Wilhelmsthal wurden neu verteilt. In der alten Schule blieben die Knaben 4. bis 7. Schuljahr, im Schwesternhaus obere Abteilung vier bis sieben Mädchen, untere Abteilung 1. bis 3. Schuljahr Knaben und Mädchen und dazu eine der ersten Kleinkinderschulen. Viele ältere Gemeindebürger erinnern sich heute noch an Sr. Domitia und Sr. Ameranda, welche sich viele Jahre um die Kleinkinderschule kümmerten. Die Betreuung der Kinder fand zumeist nur am Nachmittag statt.
Aufgrund der politischen Situation gab es zwischendurch Zeiten, in der die Schule und auch die Kinderschule geschlossen war. Doch gerade in der Not der beiden Weltkriege waren die Ordensschwestern ein großer Rückhalt der Gemeinde. In den 50er Jahren erlebte das Schwesternhaus die größten Veränderungen. Nach 45 Jahren segensreicher Arbeit endete am 01. August 1951 die Arbeit der Dillinger Franziskanerinnen in Wilhelmsthal.
Pfarrer Johann Fröhlich stellte einen Antrag auf Eröffnung eines geregelten Kindergartens in Wilhelmsthal. Dieser Antrag von 1957 ist die erste urkundliche Erwähnung im erzbischöflichen Archiv in Bamberg. Im Oktober 1958 endete mit dem Neubau des damals modernen, großen Schulhauses auch die schulische Nutzung des Schwesternhauses. Zu dieser Zeit gab es in Wilhelmsthal rund 150 Kinder im Alter von 2-6 Jahre. Die Betreuung der Kleinkinder war in den vergangenen Jahren des Umbruchs nicht gewährleistet.
1959 eröffnete der Kindergarten, für den in der Anfangszeit Anna Fröhlich, die Schwester des Pfarrers, zuständig war. Von 1962 bis 1973 übernahm Frau Veronika Ullmann als erste ausgebildete Erzieherin die Leitung des Kindergartes. 1969 begann Frau Hella Mattes ihre Tätigkeit als Kinderpflegerin, welche sie über 35 Jahre ausübte.
Aus wirtschaftlichen Gründen wurden leerstehende Räume des großen Schwesternhauses in der Folgezeit als Wohnung an Privatleute vermietet. In den 70er Jahren leitete Frau Veronika Heider den Kindergarten.1975/77 wurden im Außengelände eine Unterstellhalle und Spielgeräte für die Kinder aufgebaut.
Mitte der 80er übernahm Frau Friedel Schramm die Leitung des Kindergartens in Wilhelmsthal. Pfarrer Rudolf Klemenz hatte Pläne zur Generalsanierung des Schwesternhauses. Mit diesem Umbau sollte das Schwesternhaus in einen modernen Kindergarten umgestaltet werden. In dieser Zeit übernahm Frau Gabi Bayer die Leitung des Kindergartens.
Nach Abwägen verschiedenster Aspekte (Finanzierung, Bezuschussung usw.) kam man zu dem Ergebnis, dass das Haus für einen Kindergarten nach heutigen Vorstellungen nicht geeignet sei. Die Umbauplanungen für das Schwesternhaus wurden zugunsten eines Kindergarten-Neubaus gestoppt. Man gründete einen Kindergarten-Bauausschuss, welcher sich mit einer geeigneten Standortauswahl und der Finanzierung zu beschäftigen hatte. Nach intensiver Planungszeit wurde auf einem neu erworbenen Grundstück beim „Hohen Kreuz“ auf dem Eichsberg in Wilhelmsthal mit dem Neubau eines zweigruppigen Kindergartens begonnen. Der Umzug vom Schwesternhaus in das neue Gebäude fand am 20.11.1995 statt. Das ehrwürdige Schwesternhaus wurde aufgrund der großen Kinderzahl im Jahr 1997/98 nochmals für eine dritte „Notgruppe“ reaktiviert.
Seit 1998 ist Frau Johanna Höfner die Leiterin des Kindergartens in Wilhelmsthal. Das Schwesternhaus wird heute von der Mutter-Kind-Gruppe, als Jugendheim und als christliche Begegnungsstätte genutzt. Der Erhalt dieses historischen Gebäudes wird jedoch ohne weitere Verwendung und finanzieller Unterstützung schwer zu realisieren sein. Der neue Kindergarten ist mit seinem großen Außengelände zu einem wahren Schmuckstück in der Umgebung geworden.
2006 feierte der Kindergarten „St. Josef“ sein 100jähriges Jubiläum.